13M111GI - Genomska informatika

Specifikacija predmeta
Naziv		Genomska informatika
Akronim		13M111GI
Studijski program		Elektrotehnika i računarstvo
Modul		modul Računarska tehnika i informatika
Tip studija		master akademske studije
Nastavnik (predavač)		prof. dr Marko Mišić
Nastavnik/saradnik (vežbe)		as. ms Predrag Obradović, dipl. inž. el. i rač.
Nastavnik/saradnik (DON)		as. ms Predrag Obradović, dipl. inž. el. i rač.
Broj ESPB		6.0	Status predmeta	izborni
Uslovljnost drugim predmetima		Predmet Pronalaženje skrivenog znanja (13M111PSZ) nije preduslov za predmet Genomska informatika (13M111GI) ali se preporučuje uzimanje 13M111PSZ pre uzimanja 13M111GI i zato je ovaj predmet smešten u prolećnom semestru, tako da se može uzeti nakon predmeta 13M111PSZ koji je smešten u jesenjem semestru.
Ciljevi izučavanja predmeta		U okviru ovog predmeta predstavljeni su osnovni metodi računarske analize podataka dobijenih iz genoma, sa ciljem izvođenja biološki značajnih zaključaka. Biće ukazano na prednosti i mane ovih metoda i na značajne parametre koji utiču na rezultate ovih analiza.
Ishodi učenja (stečena znanja)		Studenti će razumeti principe dizajna algoritama za obradu bioloških podataka i kako oni rade. Biće sposobni da analiziraju probleme i primene odgovarajuće metode.
Sadržaj predmeta
Link ka stranici predmeta		http://rti.etf.bg.edu.rs/rti/ms1gi/
Sadržaj teorijske nastave		Poređenje sekvenci. Skriven Markovljev model. Algoritmi za višestruko poravnanje. Analiza ekspresija gena. Populaciona genomika. Molekularna evolucija. Komparativna genomika.
Sadržaj praktične nastave		Praktična nastava će tematski pratiti teorijsku nastavu.
Literatura
R. Durbin, S. Eddy, A. Krogh, G. Mitchison, "Biological Sequence Analysis", Cambridge University N. Jones, P. Pevzner, "An Introduction to Bioinformatics Algorithms", MIT Press D. Gusfield, "Algorithms on Strings, Trees and Sequences", Cambridge University Press Najnoviji radovi po izboru predavača
Broj časova aktivne nastave nedeljno tokom semestra/trimestra/godine
Predavanja	Vežbe	DON	Studijski i istraživački rad	Ostali časovi
2	2	1
Metode izvođenja nastave		Predavanja i auditorne vežbe se drže uz elektronske prezentacije. Studenti samostalno izrađuju projekte.
Ocena znanja (maksimalni broj poena 100)
Predispitne obaveze		Poena	Završni ispit	Poena
Aktivnosti u toku predavanja			Pismeni ispit	50
Praktična nastava			Usmeni ispit
Projekti		50
Kolokvijumi
Seminari